Η πλειοψηφία των απλών κύστεων δεν απαιτεί κάποια παρέμβαση. Ωστόσο κύστεις με διάμετρο μεγαλύτερη από 4 εκ. χρήζουν περιοδικούς ελέγχους με υπερηχογράφημα, ώστε να παρακολουθείται το μέγεθός τους. Αυτοί οι έλεγχοι είναι σκόπιμο να επαναλαμβάνονται κάθε τρίμηνο για το πρώτο έτος και μετά στο έτος και την τριετία.

Η εμφάνιση συμπτωμάτων, που σχετίζονται με την κύστη ή ακόμη και η συνεχόμενη αύξηση του μεγέθους της από μόνη της, θα πρέπει να εγείρουν την υποψία παρουσίας κυσταδενώματος ή και κυσταδενοκαρκινώματος, αφού κατά κανόνα οι απλές κύστεις σπάνια αυξάνονται σε μέγεθος. Τέτοιοι ασθενείς όχι σπάνια υποβάλλονται σε χειρουργική διερεύνηση.

Αποδεκτός είναι ο κοιλιακός πόνος μόνο αν η κύστη είναι μεγάλη σε μέγεθος ή συνυπάρχει και κάποια άλλη αιτία, όπως χολολιθίαση, γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση, έλκος δωδεκαδακτύλου, κ.α. Αρκετές φορές διενεργείται διαδερμική παρακέντηση κι αναρρόφηση του υγρού της κύστης, οπότε παρατηρείται παροδική ύφεση των συμπτωμάτων, γενικά όμως η μέθοδος δεν είναι ευρέως αποδεκτή, ούτε κι άμοιρη επιπλοκών.

Άλλοτε πάλι μετά την κένωση της κύστης, ενίεται στο εσωτερικό της σκληρυντική ουσία.
Άλλες θεραπευτικές εναλλακτικές είναι η εσωτερική παροχέτευση της σε έλικα λεπτού εντέρου, η αφαίρεση τμήματος του τοιχώματός της ή ακόμα και η τμηματική ηπατεκτομή.

Η απλή παρακέντηση έχει υψηλό ποσοστό αποτυχίας και ταχείας επανεμφάνισης. Η έγχυση σκληρυντικών ουσιών είναι κατά κανόνα ασφαλής και δραστική.
Πιο διαδεδομένη και με τα καλύτερα αποτελέσματα τεχνική, θεωρείται η λαπαροσκοπική αφαίρεση τμήματος από την κύστη. Το ποσοστό υποτροπής δεν ξεπερνά το 15%. Αναφέρονται ως επιπλοκές η μόλυνση του τραύματος, η λοίμωξη του αναπνευστικού, η χολόρροια και το υποδιαφραγματικό αιμάτωμα. Επιπλέον ασθενείς με κύστεις στην οπίσθια επιφάνεια του ήπατος δεν είναι υποψήφιοι για τη μέθοδο αυτή.

Συμπερασματικά, δεν υπάρχει κανόνας και κάθε περίπτωση θα πρέπει να εξετάζεται εξατομικευμένα, σταθμίζοντας το μέγεθος και το είδος της κύστης, τις χειρουργικές εναλλακτικές και τις πιθανές επιπλοκές τους.